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MySQL InnoDBトラブル
2022.09.12

YouTube でも紹介しています。画像をクリックすると再生できます。

突然、自宅WEBサーバーのブログが表示されなくなってしまいました。 容易にDBMSの障害であることはわかるので、待機サーバへの切り替えは行わず、対処することにしました。
ちなみに、毎日1回自動的にデータベースのバックアップをとっているので、最悪1日前の状態には復帰できます。

■原因解明

MySQLのプロセスが停止していたので、一応再起動を掛けてみました。
$ sudo service mysql start
Job for mysql.service failed because the control process exited with error code.
See "systemctl status mysql.service" and "journalctl -xe" for details.
エラーとなり、起動ません。
journalctl -xe
journalctlコマンドは、systemd-journaldが収集したログを表示するためのコマンドです。 -xe オプションは最近のログの詳細情報を表示します。
このログをみても、いまいち原因がわかりませんでしたが、ついでにジャーナルファイルを整理しておきました。
ジャーナルの使用容量を確認します
$ journalctl --disk-usage
Archived and active journals take up 1.7G in the file system.
3日より前のエントリーを削除します
$ sudo journalctl --vacuum-time=3d

ステータスメッセージとジャーナルログからは決定的な原因がわからなかったので、MySQLのエラーログをみることにしました。

$ tail -n 20 /var/log/mysql/error.log
    ~
2022-09-11T10:53:51.677880Z 0 [ERROR] InnoDB: mmap(137428992 bytes) failed; errno 12
2022-09-11T10:53:51.677918Z 0 [ERROR] InnoDB: Cannot allocate memory for the buffer pool
2022-09-11T10:53:51.677944Z 0 [ERROR] InnoDB: Plugin initialization aborted with error Generic error
    ~

InnoDBでエラーになっていて、メモリーが不足していることがわかります。

■設定変更

MySQLのデータベース・エンジンには、MyISAM と InnoDB があるのですが、 現状、用途的にMyISAMで十分足りていて、InnoDBは使っていません。
そこで、InnoDBが起動しないように設定を変更してみました。
また、明示的にデフォルトのストレージエンジンに、MyISAMを指定しています。

$ sudo vi /etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf
[mysqld]
skip-innodb
default-storage-engine=MyISAM

$ sudo service mysql start
しかし、エラーとなり起動しません。

再度、エラーログをみてみると、
$ tail -n 20 /var/log/mysql/error.log
2022-09-11T10:56:43.236292Z 0 [Warning] The use of InnoDB is mandatory since MySQL 5.7. The former options like '--innodb=0/1/OFF/ON' or '--skip-innodb' are ignored.
MySQL 5.7 以降、InnoDB の使用は必須になっていました。
skip-innodb オプションは削除しました。

■スワップ領域の確保

仕方がないので、スワップ領域を作ることにしました。 まずはスワップ領域の確認です。
$ sudo swapon --show
なにも表示されなかったので、スワップ領域を確保していないことがわかります。 いままで、スワップ領域なしに普通にさくさくと動いていたので、スワップ領域を設定していませんでした。

ディスクの空き領域を確認します。
$ df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
udev            440M     0  440M   0% /dev
tmpfs            92M  4.4M   87M   5% /run
/dev/sda1       234G  8.7G  214G   4% /
tmpfs           457M     0  457M   0% /dev/shm
tmpfs           5.0M     0  5.0M   0% /run/lock
tmpfs           457M     0  457M   0% /sys/fs/cgroup
/dev/mmcblk0p1  253M   96M  157M  38% /boot/firmware
tmpfs            92M     0   92M   0% /run/user/1000
Mounted onの欄に / が表示されているデバイスがディスクです。
ストレージには、256GBのSSDを使用していますが、空き領域はたっぷりあります。

1GBのスワップ領域を作ります。
$ sudo fallocate -l 1G /swapfile
$ ls -lh /swapfile
-rw-r--r-- 1 root root 1.0G 9月 11 11:02 /swapfile

root権限のみにアクセス許可を与えます。
$ sudo chmod 600 /swapfile
$ ls -lh /swapfile
-rw------- 1 root root 1.0G 9月 11 11:02 /swapfile

ファイルをスワップ領域としてマークします。
$ sudo mkswap /swapfile
Setting up swapspace version 1, size = 1024 MiB (1073737728 bytes)
no label, UUID=22d34fcc-2b561-1234-bca4-c45fa32a2112

スワップファイルを有効にします。
$ sudo swapon /swapfile

スワップが使用可能であることを確認します。
$ sudo swapon --show
NAME      TYPE  SIZE USED PRIO
/swapfile file 1024M   0B   -2
メモリの利用状況を確認します。
$ free -h
      total used free shared  buff/cache   available
Mem:   912M 651M  98M   8.0M        162M        238M
Swap:  1.0G   0B 1.0G
MySQLを起動します。
$ sudo service mysql start
無事に、MySQLが起動するようになりました。

MySQL起動後のメモリー使用状況をみてみます。
$ free
        total   used   free shared  buff/cache available
Mem:   933944 702316  39620   3864      192008    212568
Swap: 1048572 163840 884732
スワップ領域が使用されていることがわかります。

システムを再起動すると、サーバーはスワップ設定を自動的に保持しません。
そこで、スワップファイルの永続化を行います。
$ sudo cp -p /etc/fstab /etc/fstab.bak
$ echo '/swapfile none swap sw 0 0' | sudo tee -a /etc/fstab

■待機サーバーへの反映

待機サーバーにも同様の設定を行います。

■システム再起動
スワップ領域を設定して、MySQLを再起動して、1週間後、SWAP領域が一杯になり、MySQLサービスがダウンしてしまいました。 システム再起動はリスクが高いので、サーバー・リプレイス以来、1年半、システムの再起動は行っていなかったのですが、 システムをリブートすることにしました。
一応事前に、InnoDB のバッファプール・サイズを設定しておきました。 バッファプールは、アクセスされたテーブルデータやインデックスデータをキャッシュし、リクエストを高速に処理するための重要な機構です。
$ sudo vi /etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf
[mysqld]
innodb_buffer_pool_size = 512M

$ sudo reboot

システム再起動後のメモリー使用状況を確認してみます。
$ free
        total   used    free shared  buff/cache available
Mem:   933944 401852  173028   7476      359064    509436
Swap: 1048572      0 1048572
スワップ領域の使用がゼロになりました。

■その他の処理

エラーログをみてみると、警告もでていたので対処しておきます。
[Warning]TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).

$ sudo vi /etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf
[mysqld]
explicit_defaults_for_timestamp = 1

これは自己責任で行ってほしいのですが、ログファイルが膨れていたので削除しました。
$ sudo ls -al /var/lib/mysql
....
-rw-r----- 1 mysql mysql 50331648 9月 9 21:57 ib_logfile0
-rw-r----- 1 mysql mysql 50331648 5月 21 2019 ib_logfile1
-rw-r----- 1 mysql mysql 12582912 9月 9 21:57 ibdata1
-rw-r----- 1 mysql mysql 12582912 9月 10 03:36 ibtmp1
....
$ sudo mkdir /var/lib/mysql_backup
$ cd /var/lib/mysql_backup
$ sudo cp -p ../mysql/ib_logfile0 ./
$ sudo cp -p ../mysql/ib_logfile1 ./
$ sudo rm ../mysql/ib_logfile0
$ sudo rm ../mysql/ib_logfile1

■参考文献
Ubuntu 20.04にスワップ領域を追加する方法
 Raspberry Pi(ラズベリー パイ)は、ARMプロセッサを搭載したシングルボードコンピュータ。イギリスのラズベリーパイ財団によって開発されている。
2019.10.15 第1回 前準備
2019.10.20 第2回 Ubuntu Server インストール
2019.10.27 第3回 Ubuntu Server 詳細設定
2019.10.28 番外編 無線LAN接続設定
2019.11.02 第4回 Apache WEBサーバ設定
2019.11.05 第5回 PHP 設定
2019.11.10 第6回 MySQL 設定
2019.11.11 第7回 DNS (bind) 設定
2019.11.16 第8回 メールサーバ(Postfix)設定・前編
2019.11.21 第9回 メールサーバ(Postfix)設定・後編
2019.11.24 第10回 ファイアウォール(iptables) 設定
2019.11.25 第11回 crontab 設定
2019.12.01 第12回 運用準備
2019.12.03 第13回 Windowsパソコンに開発環境を作る
2019.12.05 第14回 WEBサーバー公開
2019.12.10 第15回 動的サイト制作
2019.12.11 第16回 簡単なアクセスカウンターを作る
2020.03.04 TTGO-Camera による定点観測・WEB公開
2021.03.15 第17回 サーバ・リプレイス
2021.03.27 第18回 システム移行
2022.09.12 第19回 InnoDBトラブル


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